การตอบสนองทางภูมิคุ้มกันที่น่าจะพัฒนาขึ้นเพื่อช่วยต่อสู้กับการติดเชื้อดูเหมือนจะเป็นกลไกที่ทำให้ไวรัสโรคภูมิคุ้มกันบกพร่องของมนุษย์เข้าสู่สภาวะแฝงตัว ซึ่งแฝงตัวอยู่ในเซลล์เพื่อปะทุขึ้นใหม่ เอชไอวีได้รับการพิสูจน์แล้วว่ารักษาไม่หายเนื่องจากมีทีเซลล์ที่ติดเชื้อเอชไอวีแฝงอยู่จำนวนเล็กน้อยซึ่งไม่ถูกแตะต้องด้วยยาต้านไวรัสและการตอบสนองของภูมิคุ้มกัน
เซลล์เหล่านี้ซึ่งมีอายุยืนยาวมาก สามารถเกิดขึ้นเองจากระยะแฝงและเริ่มสร้างเชื้อเอชไอวีแม้หลายปีหลังการติดเชื้อ ดังนั้นจึงจำเป็นต้องใช้ยาต้านไวรัสตลอดชีวิต เซลล์ที่ติดเชื้อจำนวนเล็กน้อย คอมเพล็กซ์โปรตีน SMC5/6 จะเริ่มกระบวนการที่ทำให้ DNA โปรไวรัสเงียบลงก่อนที่มันจะรวมเข้ากับโครโมโซมของเซลล์โฮสต์ โพรไวรัสเหล่านี้ยังคงเฉื่อยแม้หลังจากการผสานรวมและส่งผลให้เกิดการติดเชื้อที่แฝงอยู่ ซึ่งจะอยู่ในระดับต่ำจนกว่าจะได้รับการเตือนให้ปะทุเป็นการติดเชื้อที่ทำงานอยู่